Wie die Homöopathie werden die Salze ebenfalls nach dem Potenzierungsprinzip stufenweise, Verdünnung durch Schütteln, Reiben oder Zerkleinern, hergestellt. Er wählte diese Art, um den Weg zum Bestimmungsort zu erleichtern - der Zelle. Auch wusste er, dass die längerfristige Gabe reiner Mineralien Nebenwirkungen hat.

1. Schüssler verwendet nur körpereigene Stoffe.

2. Die Auswahl des Mittels beruht nicht auf dem Ähnlichkeitsprinzip, sondern Fehlendes einzusetzten.

Sein Ansinnen war nicht, fehlende Salze durch Zugaben zu ersetzen, sondern er wollte mit den Mineralstoffen eine Aktivierung des Organismus erreichen. Dieser sollte dann die Salze aus der Nahrung  besser verwerten und dorthin transportieren, wo sie benötigt werden.

Das ist der Grund, warum Schüsslers Biochemie häufig fälschlicherweise als homöopathische Heilweise bezeichnet wird.